中西医结合的思路，应以中医、西医两种理论为指导，以临床结合为起点，以提高疗效为目的，逐渐走向理论的结合阶段，最后融合为统一的新医学体系——中西医结合医学（整合医学）或整体医学为总目标。我国著名的中西医结合专家、中医病理学家匡调元教授曾提出，中医是以宏观、整体、全息调控医学，西医是以微观、局部定位、对抗医学。许教授对后者又增添了补充、替代两个内容，实际上是对他所提观点的补充。由于中西医学科间的渗透和中西医结合的影响，西医常用的单体对抗疗法，也已向复方或整合的方向发展。
中西医结合的步骤，可分为两个阶段。第一个步骤是临床结合阶段，第二个步骤是理论结合阶段。我国中西医结合工作60多年来的实践经验告诉我们，辨病与辨证结合是中西医结合的最佳模式，但各地的结合发展极不平衡，当前主要的工作仍在临床结合阶段。因为临床结合阶段是中西医结合的基础。积之越厚，发之越佳。理论结合阶段是中西医结合的高层次结合。两个阶段紧密相连，前者的结合孕育着新理论内涵的萌芽，后者的结合进入到有机的融合，构建新理论、新体系的出现。
1．临床结合阶段——辨病与辨证相结合 又称病证结合，即西医辨病为基础，与中医辨证相结合的方法。这种方法是中西医结合医学实践的总结，也是中西医临床研究的重要模式。这是经过60多年的中西医结合实践，证明了的成功经验。西医是世界医学的主流，诊断的病名是国际化，标准一致的。如果以中医的“证”为基础进行“证病结合”的话，中西医结合或许要走弯路，甚至得不到世界医学界的认可。
首先，用现代医学先进的手段和方法，确定或辨清病人患的是什么“病”，明确诊断后，再用中医辨证的方法辨清是什么“证”（或证型）。在辨证的过程中，我们要运用中医学内涵的科学思维方法，以宏观与微观结合、整体与局部结合、辨证与辨病结合为原则，确定“证”（证型），然后再选定相应治疗方法，即所谓分型论治。治疗的原则是西医治疗方法好就用西医方法治，中医治疗方法好就用中医方法治。有时先西医后中医或先中医后西医，或中西医两种治法并用，同步进行。对同时患有几种疾病的患者，应找出有目的、有针对性的中西医结合治疗方法，即寻找使用中西药治疗适宜时机的规律性，达到有机的结合。这样的结合称中西医真正的结合。
2．理论结合阶段 通过病证结合，在提高疗效的基础上，开展中西医结合的理论探讨，即是理论结合阶段。这是一项极其重要的步骤。只有理论上的创新和突破，中西医结合学科才能逐步形成一套中西医结合的完整体系。有了这个体系，构建中西医结合医学（整合医学/整体医学）的理想才能全面实现。
在中西医结合临床辨病与辨证相结的过程中，匡调元教授提出：要使“辨病与辨证二者结合发展到一个高级阶段，就要强调整体的统一性，强调相互依存与相互制约的辨证关系，要强调功能、结构、代谢的统一性。”