特别是居民医保制度，实行与个人或家庭收入无关的定额缴费政策和平均化、高比例的财政补贴， 筹资水平较职工医保低而保障水平不断高攀，淡化了权利与义务相对应的意识，使居民医保有滑向福利化的倾向。新农合实行卫生院兼任医保筹资管理机构的所谓“一手托两家”经办模式，完全背离第三方管理原则，使卫生院既是服务提供方又是服务购买方，失去了最基本的公平公正条件，无法保证基金的安全和效率。

2.多头管理和行政过度干预

三项基本制度分辖不同部门， “两匹马拉三架车”，不仅三医难联动，医疗保险自身改革也不同步。比如，由于居民医保筹资水平较低，保障不足，发生家庭灾难性支出的问题，如何解决?如果统一管理，就会坚持系统性改革，在提高缴费基础上突出保障重点，通过扩大基本目录、提高报销比例、提高封顶线等政策化解高额医疗费用风险，在优化基本制度的同时，完善医疗救助制度，促进补充保险发展。如果统一管理，就不能另辟蹊径，“房上加屋”，用所谓大病保险冲击基本制度。

3.医疗保障体系不健全

多层次的医疗保障体系，是社会医疗保险制度优势发挥的条件。没有兜底的医疗救助，保基本之外的特困人群处于风险之中。没有补充商业保险，保基本之外的特需无法满足。人们对某些医疗需求的失望不是基本医保的失责和过错，但救助制度和补充保险或缺失或衔接不畅，会导致参保后感觉并未解决“病有所医”的相关问题，尤其是困难人群的医疗需求没有得到充分满足，从而拖累对基本制度的评价。