1961年以继承而发扬、返本以开新的思维方式，率先提出“脏腑学说是中医理论体系核心”的构思，经向中央卫生部汇报后，与张大钊、李瑞臣教授主笔撰写而成“从脏腑学说来看中医学的理论体系”的论文，以湖北中医学院第二届西医离职学习中医班的名义，刊登于《人民日报》《健康报》《光明日报》和《中医杂志》，后又经张大钊教授在《中国建设》英文版作了介绍，引起了全国中医学术界和西学中同志一次规模颇大的学术争鸣，影响较大，并得到了赞同和补充。脏腑学说是在中医整体观的思想指导下，以五脏为中心，以心（指大脑）为主导，以经络为联系，研究人体脏腑的生理功能、病理变化、疾病的诊断、治疗、预防，以及与外界环境相互联系的学说。因此，脏腑是人体整体功能的核心，疾病是脏腑功能失调的反应。疾病的诊断，若抓住五个脏腑大系统，不论采用何种辨证的方法，将根本病机落实到脏腑上去，治疗的办法即可迎刃而解。阴阳五行学说是我国古代的一种对立统一的哲学思想，在中医学里只是用以说明和解释脏腑之间和脏腑之内的对立统一和复杂的关系。脏腑机体的变化，决定着它属阴或属阳（如辨证为肾阴虚、肾阳虚、肝肾阴虚阳亢等），而绝不是阴阳发生了变化，才使脏腑功能引起变化。如果光凭辨证阴虚或阳虚，定会成为无的放矢的治疗，治疗效果一定不好，因此，阴虚、阳虚最后必然落实到脏腑上去。调整脏腑功能及其病理组织的改变，就成为中医治病的关键，整体调整就成了中医治病的最大原则。可见，脏腑学说对内、外、妇、儿、皮肤、五官等临床各科和中医基础医学各科都具有普遍的指导意义。脏腑学说，至今又经过了30多年的研究，给脏腑学说注入了新的内容，使脏腑学说有了新的发展。脏腑学说已被收进我国第一部《医学百科全书·中医基础理论》（1989年），和《甘肃省志·医药卫生志·卫生》（1999年）两书，并成为研究中医理论，中西医结合临床，诊治疾病和编写教材的主要依据。在60多年的教学、医疗、科研的历程中，许教授始终不渝地执着于运用传统方法及现代科学方法，继续研究脏腑学说取得了新的认识和进展，使中医理论体系的核心比较系统、完善，逐渐成为医学科学：①提出“体表内脏相关学说”（湖北日报，1961年10月27日）。现已证实和发现29条循经性皮肤病与脏腑的病灶有关。经有关专家的“经穴——皮质（大脑）——内脏”假说证实了此学说的现代形成机制，也是研究中医针刺治疗疾病的指导理论。②疾病的发展变化，不仅是脏腑功能上的改变，还有结构（组织）上的改变。该理论的提出，将中医的理论（以脏腑机制为主的理论）又向前推进了一步（1964年 ）。③“历代医学家对脏腑理论的研究与实践”，为进一步研究脏腑学说提供了系统的宝贵资料（1982年）。④“脏腑学说的现代研究”，特别是对五脏实质和脏腑相关理论的研究（1984年，1995年）。⑤脏腑是人体整体功能的核心，“整体调节是中医治病的现代原理”，实际上是对人体的高级神经系统、自主神经系统、内分泌、消化、免疫等系统起了调节作用（1990年）。⑥“脏腑学说及近代研究”（1996年，香港大学的讲稿，香港大学印）。⑦“现代医学对中医脾胃学说的研究与发展”（1999年），等等，详见许自诚著《中医脏腑学说的研究与应用》（甘肃科技出版社，1995年）及《许自诚中西医结合治病经验选集》（甘肃民族出版社，2001年）。