甘肃中医学院附属医院呼吸病研究所（以下简称本所）是由长期从事中西医结合防治呼吸病的临床和实验研究人员组成的科研机构，是促进甘肃省发展中西医结合防治呼吸病事业的医疗、科研、教学为一体的研究基地。

本所的宗旨：遵守国家宪法、法律、法规，坚持改革开放的方针，弘扬中国传统医学和现代医疗保健方法，促进中医学与现代医学的结合，“西医诊断，中医治疗，中西结合，取长补短”，发展甘肃省中西医结合防治呼吸病事业。

呼吸所包括三个主要部分：
（一）临床部：
1、普通病房：设有病床40张；
2、呼吸加强医疗病房（RICU）：设危重症病床2张；
3、临床呼吸生理实验室：含肺功能检查室和运动心肺生理实验室；
4、呼吸睡眠障碍诊疗室：设检测和治疗病床4张；
5、呼吸内镜治疗室。
（二）呼吸基础研究室：
1、动物生理/病理生理实验室；
2、生化/分子生物学实验室；
3、细胞病理实验室；
4、血液流变/凝血-纤溶实验室；
5、免疫与变态反应实验室。
（三）流行病学研究室/世界卫生组织（WHO）烟草或健康合作中心。
呼吸所的亚专业设置：
* 慢性阻塞性肺疾病与肺心病专业组；
* 呼吸衰竭与呼吸支持技术专业组；
* 临床呼吸生理专业组；
* 支气管哮喘与肺部变应性疾病专业组；
* 呼吸系感染性疾病专业组；
* 呼吸睡眠障碍与呼吸控制异常专业组；
* 肺间质病与纵隔、胸膜疾病专业组；
* 呼吸系肿瘤专业组；
* 肺栓塞与肺血管病专业组。
以上行政建制和亚专业设置形成了一整套在国内较为完备的呼吸系疾病的医疗、预防和研究体系。