对于分级诊疗的政策目标，国务院出台的《意见》界定为“基层首诊、双向转诊、急慢分治、上下联动”。需要指出的是，这一目标给出的是实施分级诊疗后的制度结果，而不是分级诊疗本身的内涵。
对于分级诊疗的含义，仍存在诸多争论。这些争论背后则隐含着对如何实现分级诊疗的政策思路的冲突。例如，一些观点将分级诊疗等同于计划经济时代的单位和社区首诊及转诊的“三联单”制度。这一制度不过是在医疗资源有限的条件下，计划分配医疗服务的一种行政手段，不应成为当前推动“分级诊疗”的内在含义。
合理的分级诊疗不应从供方的资源安排来界定，需要从患者(需方)的就医路径来定义，这一路径具有两个本质特征：首先，在患者与医生之间建立了比较稳定的关系，患者就医时有一个比较固定“首诊”的医生。作为“首诊”的医生，对患者而言不仅是“费用守门人”，更是“健康守门人”，其提供的医疗服务至少占到全部医疗服务的一半以上。这一稳定关系不是“拉郎配”，而是建立在医生与患者之间的激励一致性基础上。其次，合理的分级诊疗的本意不是“分”，而是不同类别的医疗服务之间的“合作”与“整合”， 是医疗服务的“连续化”和“谱系化”，不同类别的医疗服务，比如预防、治疗、康复、护理等，形成有机联系的整体;而不是按照行政级别划定的“一级”“二级”“三级”之间的“分级”。
实现患者在大医院和基层医疗机构之间的“分流”是当前相关部门，特别是卫生行政部门推动分级诊疗体系建设的政策目标。但是， 从更深层次的意义上，“分流”并不是分级诊疗的意义，充其量只是分级诊疗的一个结果。合理的分级诊疗的意义或“好处”可从下面几个方面来理解：
第一，长期稳定的关系提高搜寻与匹配效率。在当前的供方安排下，患者面对的不是医生，而是不同的机构;而不同的机构不仅分为不同的行政级别，在机构内部还形成了“分割式”的部门安排。这导致患者搜寻合适的医生以及医生与患者之间的匹配成本高昂。第二，长期稳定的医患关系还是约束供方机会主义行为的手段。在医疗领域中存在信息不对称，医生掌握了信息优势，可能会发生“供方诱导需求”等机会主义行为;而约束这种机会主义行为的最有效手段就是医患之间的长期稳定关系，将医患之间的单次交易变为长期的乃至无限期的交易。第三， 在人口老龄化的条件下，人群的疾病谱发生了显著的变化，慢性疾病发病率高企，这更需要不同类别服务之间的整合，特别是慢病管理，更需要实现医疗服务的连续性。
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